• Ból neuropatyczny i/lub padaczka – w kierunku nowych leków. Badania są realizowane w Zakładzie Chemii Bioorganicznej we współpracy z amerykańskim Narodowym Instytutem Zdrowia i innymi jednostkami wydziału. Prace badawcze dotyczą projektowania, syntezy oraz wielokierunkowych badań przedklinicznych. Zaprojektowane i przebadane farmakologicznie cząsteczki nowych związków są przedmiotem zgłoszeń patentowych i patentów m.in. w Unii Europejskiej, Stanach Zjednoczonych, Rosji, Chinach, Korei, Indiach, Japonii, Brazylii. Trwają prace dotyczące komercjalizacji uzyskanych wyników.

• Kultury roślin i grzybów leczniczych in vitro. Badania prowadzone w Katedrze Botaniki Farmaceutycznej. Ich celem jest przedstawienie propozycji wykorzystania roślin i grzybów pochodzących z kultur in vitro jako źródeł ważnych terapeutycznie związków.

• Nowoczesne formy leku – aspekty biofarmaceutyczne. Prace naukowe realizowane w Katedrze Technologii Postaci Leku i Biofarmacji. Uwaga badaczy skupiona jest na lekach pediatrycznych, lekach w formie układów wielokompartmentowych, innowacyjnych rozwiązaniach w projektowaniu postaci leku z wykorzystaniem zasad Quality by Design i Technologii Analizy Procesu.

• Potencjał uczulający i toksyczność składników kosmetyków oraz leków. Analizy prowadzone w Zakładzie Dermatologii Doświadczalnej i Kosmetologii uwzględniają szczególnie fototoksyczność działania preparatów kosmetycznych i leków. Zakres badań obejmuje eksperymenty in vitro na hodowanych komórkach skóry, poczynając od obserwacji klinicznych, aż po analizy rynkowe oraz prawne dotyczące kosmetyków dostępnych w Polsce.

• Nowy lek w terapii ośrodkowego układu nerwowego. W badaniach określonych jako „Opracowanie innowacyjnego leku stosowanego w terapii schorzeń Ośrodkowego Układu Nerwowego (OUN): schizofrenii, depresji i lęku, badania przedkliniczne" brały udział jednostki wydziału, we współpracy z firmą farmaceutyczną ADAMED, Politechniką Krakowską oraz Instytutem Psychiatrii i Neurologii w Warszawie. Efektem projektu są: innowacyjne cząsteczki wykazujące aktywność przeciwpsychotyczną i przeciwdepresyjną oraz pięć międzynarodowych zgłoszeń patentowych. Trwają prace związane z komercjalizacją wyników.

Badania realizowane są we współpracy z wieloma zagranicznymi ośrodkami m.in.: Narodowym Instytutem Zdrowia i Narodowym Instytutem Raka w USA, wydziałami farmaceutycznymi i instytutami badawczymi we Francji, Niemczech, Izraelu, Wielkiej Brytanii, Włoszech, Turcji, Finlandii, Portugalii, Kanadzie. Naukowcy z wydziału, w związku z realizowanymi badaniami, mają też kontakt z krajowymi firmami farmaceutycznymi m.in. Adamedem, Apipolem i Farminą.

Prof. Barbara Filipek – jej zainteresowania naukowe dotyczą poszukiwania nowych struktur o działaniu przeciwzapalnym, przeciwbólowym, przeciwarytmicznym i hipotensyjnym oraz określenia mechanizmu ich działania. Jest kierownikiem Katedry Farmakodynamiki UJ CM, kierownikiem Studium Kształcenia Podyplomowego, członkiem Polskiego Towarzystwa Farmakologicznego i Polskiego Towarzystwa Farmaceutycznego. Jej dorobek naukowy to m.in. 128 prac oryginalnych i 50 monograficznych oraz 26 patentów. Prowadzi szeroką współpracę z przemysłem farmaceutycznym np. firmami Apipol, Farmina, Adamed.

Prof. Renata Jachowicz – koncentruje się na opracowywaniu i ocenie nowoczesnych postaci leku, o wysokiej jakości i bezpieczeństwie stosowania. Kieruje Katedrą Technologii Postaci Leku i Biofarmacji UJ CM; jest członkiem Executive Committee European Association of Faculties of Pharmacy i ekspertem WHO, przewodniczy Komisji Technologii Postaci Leku i Biofarmacji Komitetu Terapii i Nauk o Leku PAN oraz Grupie Eksperckiej ds. Postaci Leku i Leków Aptecznych Komisji Farmakopei Polskiej. Prof. Jachowicz jest autorką 122 prac oryginalnych i poglądowych.

Prof. Katarzyna Kieć-Kononowicz – jej zainteresowania naukowe dotyczą poszukiwania nowych substancji biologicznie aktywnych poprzez wspomagane komputerowo projektowanie oraz syntezę chemiczną i biotechnologiczną. Pełni funkcję kierownika Katedry Technologii i Biotechnologii Środków Leczniczych UJ CM, jest delegatem Polski do European Federation for Medicinal Chemistry. Jest członkiem m.in.: Komisji Syntezy i Projektowania Nowych Leków Komitetu Terapii i Nauk o Leku PAN, European Histamine Research Society, International Society of Heterocyclic Chemistry, European Association of Pharma Biotech, Paul Ehrlich MedChem Euro PhD Network. Jej dorobek naukowy to m.in.: 150 prac oryginalnych i 15 przeglądowych, jest autorką rozdziałów w sześciu podręcznikach i skryptach.

Na wydziale został opracowany komputerowy system oceny ryzyka działania kardiotoksycznego leków o nazwie ToxComp, w którym poddaje się ocenie potencjalną efektywność i bezpieczeństwo leków. W 2013 roku technologię tę zakupiła jedna z firm brytyjskich.

Uzyskano również międzynarodowe zastrzeżenia patentowe nowej metody syntezy na fazach stałych z udziałem tzw. linkera pipekolowego, który znacznie rozszerza możliwości otrzymywania nowych związków biologicznie aktywnych. Osiągnięcie to jest wynikiem szeroko zakrojonych badań prowadzonych we współpracy polsko-francuskiej.

Oryginalnymi działaniami wydziału są wystawy popularyzujące naukę (np. „Grzyby jadalne i trujące", „100 lat kremu Nivea", „Aptekarska tradycja preparowania win leczniczych").